En otras competiciones destacó su triunfo en la Copa Presidente de la República, torneo disputado por los equipos de primera categoría del campeonato mallorquín durante las temporadas 1933-34, 1934-35 y 1935-36, equipacion real madrid 2023 con un trofeo en disputa concedido por el entonces presidente Niceto Alcalá Zamora. El Baleares FC participó en el Campeonato Regional de Baleares oficial, organizado inicialmente desde 1923 por la Federación Catalana de Fútbol y desde 1926 por la Federación Balear de Fútbol, hasta su supresión en 1940. El club siempre estuvo en primera línea de la competición: fue subcampeón hasta en 9 ocasiones del Campeonato de Mallorca, solamente superado por la RS Alfonso XIII FC (después RCD Mallorca) o por el CD Constancia de Inca.
