En la competición liguera el Atlético de Madrid tuvo una actuación destacada acabando la temporada tercero siendo además la defensa, de la que Juanfran formó parte, la menos goleada de la competición. El 28 de agosto de 2011 disputó su partido número 200 en Primera División en el empate a cero ante su exequipo, camiseta real madrid 2023 el Club Atlético Osasuna. Al ser campeón de la Liga Europa en 2012, el 31 de agosto de 2012 el Atleti tuvo que disputar la final de la Supercopa de Europa.
